（一）政策与管理层面的问题
1、仓储税负重的问题，已经引起有关部门的重视，但仍然没有解决。
一是仓储业营业税仍然是5%，一些税收试点企业已经实行差额纳税，但税率仍然偏高，这已经是仓储的老大难问题了；二是土地税很重，新法规实施以来，土地税额普遍增加了2倍以上，最多的增加了10倍左右，这对占地面积较大、主要靠劳务性收入生存的仓储企业来说，确实不堪重负。,
2、仓储用地的取得方式与价格偏高的问题，越来越突出，造成诸多不良后果。
一方面，原来城内的仓库区不断地被规划拆迁，另一方面又不能置换到城外同样面积的仓储用地，政府提供的仓储用地主要集中在“物流园区”，而“园区”的土地价格偏高、用来建仓库很难生存，这就造成三个后果：
一是我国的仓储面积基本处于供不应求的状况，特别是立体仓库、冷库与危险品仓库不足；
各类“物流”园区被“市场化”、“商贸化”、“综合化”，搞得不伦不类,；
农民新建大批仓库，仓储企业要么租用农民仓库，要么租用农村集体土地建仓库，但这是“灰色地带”，与现行法规不符。
近年来仓储用地价格偏高的问题直接抬高了社会物流总成本。我们应该学习发达国家经验,对仓储用地实行针对性的优惠供应。
3、仓储业的法规建设，已引起有关部门的关注。
我国物流中的运输、快递、货代等都有专门的法律法规，唯独没有仓储业的专门法规。这是造成我国仓储业“门槛”低、市场不规范、仓储设施“家底不清”的主要原因，也使“金融仓储”、“私人仓储”等新兴仓储业态得不到管理与规范。我们应该借鉴日、美等国的经验，制定仓储业专门法规，指导与规范仓储业的健康有序发展。
（二）行业与市场层面的问题
1、仓储业的标准化建设稳步推进，但体系还不完善，相关企业对仓储标准化工作的响应程度还不够。
自2007年国家标准委颁布《通用仓库等级》、《仓储服务质量要求与《仓储从业人员职业资质》三项标准以来，中仓协自2008年组织开展了“中国星级仓库”的评定与“仓储服务质量达标”评鉴工作，自2010年开展仓储经理与仓储管理员的资质培训认证工作，已为一批三星级以上仓库授牌，为一批仓管员发证，目前正在制订仓库规划设计参数、仓单、低温仓储作业规范、仓储绩效等多项标准。
但，要使这批国家标准得到企业的普遍认知与认可、依据标准改善仓库条件、提高服务质量与作业绩效，还有大量工作要做
2、仓储业的统计制度有待加强与完善。
长期以来，国家统计局的统计数据一直包括仓储业的“固定资产投资额”与“增加值”；中仓协自2006年以来每年都组织对会员企业与其它仓储企业
的调查工作，但每年收回的有效调查表只有100份左右，并且每年的样本都不一样，缺乏可比性；目前最大的问题是全国各类仓库设施的统计数据很不准确、很不完整，全国5.5亿平米的通用仓库面积（其中1亿平米立体仓库），是中仓协根据部分调查数据估算出来的，很不准确。
全国1400万吨（6000多万立方米）的冷库储存能力也是不完全的统计数据；危险品仓库的数量，目前还出不来。由于仓库的“家底”不清，致使新建仓库缺乏科学依据，造成有的地区仓库供不应求，有的地区供过于求。应该学习日、美等发达国家的经验，所有新建公共仓库都应在政府部门备案
3、市场秩序与行业垄断问题。
一方面，有的地区由于仓库供过于求，或由于中小型仓储企业扎堆，企业竞相压低仓库租金，出现价格方面的恶性竞争，另一方面，因为普洛斯等大型仓储地产企业的仓库规模越来越大，有业内人士担心出现行业垄断。
根据中仓协的调研，总体上看，我国仓储业的当务之急应该是提高仓储企业的规模化与组织化程度，而不是防止行业垄断的问题，就算普洛斯保持每年120万平米的增速，五年之后也就是1000万平米左右仓库，也只占到全国仓库总面积的2%左右。
当然，在个别地区个别城市是否会形成垄断，这要具体情况具体分析。中仓协认为，不论是恶性竞争或是垄断，都需要加强与完善行业统计工作，逐步建立仓储业的公共信息平台，及时发布仓库面积与仓租的实时信息，引导行业健康发展与有序竞争。
（三）仓储企业自身存在的问题与不足
1、仓储企业的定位问题。
一是市场定位的同质化，二是发展目标的同质化。在市场定位方面，许多仓储企业服务的领域、存储的货物明显趋同，综合的通用的（主要是生活日用品）多，专业的专用的（冷库、危险品以及服装、医药、生鲜食品等）少；为生产企业提供产成品仓储服务的多，为生产企业提供零部件仓储、为零售企业提供仓储配送的少；为传统流通体系（生产与批发）服务的多，为电子商务服务的少。
在企业形象与发展目标定位方面，以“物流”为荣、以“仓储”为耻，一些新企业大多以“综合”“现代”物流公司或供应链公司为形象与目标定位，一些老企业也脱离本企业的实际情况追求“综合”“现代”物流公司，不理解现代仓储的本质，不能充分认识配送中心的市场需求与效益潜力
2、仓储增值服务问题。
许多仓储企业仍然只能提供仓库出租、或进出库管理及装卸等基本服务，只能为货主保管商品、不能控制商品库存；收费方式单一，多数仍是按面积计算仓租，按货位、按进出仓库的包装件、按货物价值等计费的很少；仓库内的流通加工形不成规模，服务不到位；商品配送的方式单一、规模较小、不能产生经济效益，为生产企业单一品种送货的多，为零售企业与末端客户提供多厂、多店的整体配送的少。
3、设备与技术应用问题。
信息系统、货架与叉车是现代仓储作业的最基本设施。近年来，随着立体仓库的增加，货架与叉车的使用率正逐年提高，但平地堆码、人工搬运仍然较普遍，许多企业仍然没有信息系统，即使有系统也只是代替了纸质台账的作用，没有库存管理与控制的功能。
这是普遍存在的问题。与此同时，我们也注意到，有的企业出现了一味追求全自动化的苗头。国内外的经验表明，公共仓储与第三方物流企业实施仓储设施的全自动化一定要慎重考虑三个因素（实施环境、客户关系、投入产出），切忌盲目发展。