凝胶色谱柱要是利用凝胶网状结构的分子筛作用，根据被分离物分子大小不同进行分离。具有的优点有分离条件温和，适用于不稳定的分子，样品回收率高，重复性高，操作的时间相对较短，所需要的设备简单、经济。
凝胶色谱柱的分离机理主要包括凝胶颗粒的吸附和分子筛效应。凝胶颗粒表面的功能基团能够与化合物发生作用，形成化学键，使其被固定在凝胶上。当样品通过凝胶色谱柱时，分子会根据其不同的分子大小、电荷、亲疏水性等物理化学性质在凝胶颗粒表面逗留时间不同，从而实现分离和纯化。
该产品不但可以用于分离测定高聚物的相对分子质量和相对分子质量分布，同时根据所用凝胶填料不同，可分离油溶性和水溶性物质，分离相对分子质量的范围从几百万到100以下。